与孔氏家庙一墙之隔是衢州南宗孔府。是历代孔氏南宗自宋以来子孙居住的地方。根据孔氏南宗子孙任职不同，整个南宋元初为“衍圣公府”。孔洙让爵之后称“博士府”、“奉记官府”，但统称“孔府”。由大门、二门、大堂、花厅和内宅组成。
孔府大门题匾是郑板桥题写的“孔氏先宗”，大门木质黑漆柱上悬挂着清代名儒纪晓岚书写的楹联：“与国咸休安富尊荣公府第，同天并老文章道德圣人家”。两旁有两株苍劲的挂树，左侧走廊有排青石浮雕，记录了孔氏南宗的发展进程和坎坷之路。
孔府大门前有照壁，刻《礼运•大同篇》全文，描述了孔子的大同理想世界。能成就大同世界，天下就太三卜，没有战争，人人和睦相处，丰衣足食，安居乐业，这也是每个人理想的大同世界。走廊的墙上镶嵌圣迹图，是记录孔子行迹的连环画，是一部形象化的孔子编年史，图画与文字相结合，再用故事形式加以展现，既丰富多彩，又生动有趣。下面是麒麟阁，有给的麒麟玉书图，是个故事，据说孔子出生前，有麒麟出现孔家，吐出玉书，书上写着“水精之子孙，衰周而素王”意味着他有帝王之德而未居其位。孔母颜氏非常惊异，用刺绣的丝带系住麟角，两天后麒麟离去。
沿着两边都是绿树的路，就到了孔府大堂，孔府大堂的匾额为“泗淛同源”。门有联：“守袖宗法承家世禄先备礼，奉天地命报国崇文祗读书”。意为曲阜孔氏北宗与衢州孔氏南宗同源。大堂是孔府主人会见各级官员和众议家族重大事宜的客厅，里边的桌椅，布置均是仿古的。窗户为木质镂空花格，大堂后面有木屏风，上面绘山水画。过大堂是四合院落，这里有世恩堂，堂内装饰古朴雅致，有木艺灯笼和历代字画悬挂于墙上，古意悠然。堂有楹联：“衍圣人之一派世守箕聚绵圣泽，祖宗而九德时倾葵恭报祖恩”。是孔府的内宅，中间有一水池，荷花含苞待放。
过内宅就是孔府南宗后花园孔园，走进去是另一番天地。孔园是一个建有亭台阁榭，池塘草坪，假山花树的园林。湖中小渔船横卧水面，古水车倚傍堤岸，红鲤鱼在水中嬉戏觅食，激起阵阵水花，清泉水潺潺流淌，湖边杨柳依依，假山堆叠，建有一太和亭，：亭也有联：“夕风摇竹月影碎，晨曦暖塘鱼语轻”。站在亭上可观孔庙孔府全景。湖边还有小亭，整个亭在水中，一边紧靠湖岸，给人增添几分愜意。园中草坪一片绿色，里边植几株花木，作为绿色的点缀。环园有古建筑，百鸟房里啾调的小鸟，大中堂飘出的袅袅茶香，和着亭台间流出悠悠古乐，给恬静的后花园增添了更多的诗情画意。漫步在其间，望着如画的美景，听着悠悠的古音乐，口吟孔夫子的道德文章，确是人生一大乐事。
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